隠しダンジョンとイベントは未来でエターナルソードを使ってダオス城に行った後から挑戦することが可能になります。
ダオス城に行く前はイベントは何も発生しませんので注意してください。
要するにダオス城に入って抜け出せばイベントが発生したりダンジョンが出現したりするわけです。

ストーリー上ではモーリア坑道は10階までしか進入不可能でしたが上記のイベント後は21階まで行けるようになります。
またこのダンジョンには隠し精霊がいて『サファイア』『エメラルド』を持っていれば契約することができるようになります。
モンスターも通常のモンスターと比べて強力なので装備はしっかりしておきましょう。

サファイア…未来 精霊の洞窟で入手可能（GBA版では北海の孤島で入手可能）
エメラルド…闇の洞窟で入手可能（GBA版では精霊の洞窟で入手可能）

>>モーリア坑道下層 解説ページ

ダオス城に進入していなくても入ることができますが、最終部までたどり着くことができません。
クリアするには『ソーサラーリング』『アメジスト』『レッドランタン』『ブルーキャンドル』『グリーントーチ』の5つのアイテムが必要。
洞窟の奥には闇の精霊シャドウがいて倒すと契約できる。
またGBA版はダンジョンなしでアメジストを持っていればそのまま契約できます。

>>闇の洞窟 解説ページ

現代でチェスターの使っていた壊れた弓を直すことができます。
PS版、GBA版、PSP版とそれぞれイベントが異なりますので要注意。

>>エンヴンボウ 解説ページ

フリーズキールの町の食材屋にいるグラハムに話しかけると発生。
宝箱が眠っている島にはレアバードを駆使することで行くことができる。
アイフリードの遺産は全部で22箇所あり、「ロザニアのドレス」を入手してフリーズキールの宿屋にいるグラバムに渡すと「テクニカルリング」を入手でき、クラースが称号「トレジャーハンター」を習得する。

>>アイフリード遺産 解説ページ